home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ Shareware Overload Trio 2 / Shareware Overload Trio Volume 2 (Chestnut CD-ROM).ISO / dir26 / med9410p.zip / M94A3284.TXT < prev    next >
Text File  |  1994-10-25  |  3KB  |  46 lines
  1.        Document 3284
  2.  DOCN  M94A3284
  3.  TI    A computer simulator generating nucleotide sequence variation of the
  4.        HIV-1 genome.
  5.  DT    9412
  6.  AU    Doi H; Fujitsu Labs. Ltd., Chiba, Japan.
  7.  SO    Int Conf AIDS. 1994 Aug 7-12;10(1):111 (abstract no. PA0063). Unique
  8.        Identifier : AIDSLINE ICA10/94369291
  9.  AB    OBJECTIVE: To know the range of nucleotide sequence variation of the
  10.        HIV-1 genome, in particular, of the variable regions. It has been
  11.        assumed that in most cases HIV-1 infection is initiated by a single
  12.        infectious virion. However, no one knows the range of variation within a
  13.        patient after infection. I therefore made a computer simulator to
  14.        generate the sequence variation. SIMULATOR: The HIV-1 reverse
  15.        transcriptase (RT) might interact with 6 to 7 bp long stretch of RNA-DNA
  16.        hybrid or double stranded DNA at the polymerase site during DNA
  17.        synthesis (Jacobo-Molina, A. et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1993,
  18.        90, 6320; Arnold, E. et al., Nature, 1992, 357, 85; Kohlstaedt, L.A. et
  19.        al., Science, 1992, 256, 1783). 6-mers of purine-pyrmidine content have
  20.        been shown to be important for evolution of HIV-1 (Doi, H., Proc. Natl.
  21.        Acad. Sci. USA, 1991, 88, 9282). Therefore, the error spectra of 6-mers,
  22.        in which the transition probability to other nucleotides at a site of
  23.        the 6-mer is a value between 0.1 to 1.0, were obtained from the
  24.        nucleotide sequences of the strains entire sequences of which are known.
  25.        They might reflect the error-proneness of the HIV-1 RT, because of the
  26.        strategic codon frame in env, gag and pol. In the simulator, they were
  27.        composed along the nucleotide sequence tested, and nucleotide
  28.        substitution for another one at each site of the tested sequence was
  29.        stochastically determined according to the composed transition
  30.        probability; and then various sequences were stochastically generated.
  31.        RESULTS, DISCUSSION AND CONCLUSIONS: The computer simulator showed
  32.        ranges of nucleotide sequence variation of V1-5 and other regions. A
  33.        variable region was found in vpu by simulation, but the region was
  34.        conservative in isolated viruses. This suggest that the simulator can
  35.        search a region where is highly variable during reverse transcription
  36.        but on which a strong selection pressure might act.
  37.  DE    *Computer Simulation  DNA, Viral/GENETICS/METABOLISM  Genes, env  Genes,
  38.        gag  Genes, pol  Genes, vpu  *Genome, Viral  Human  HIV
  39.        Infections/MICROBIOLOGY  HIV-1/ENZYMOLOGY/*GENETICS  *Models, Genetic
  40.        Reverse Transcriptase/METABOLISM  *Variation (Genetics)  MEETING
  41.        ABSTRACT
  42.  
  43.        SOURCE: National Library of Medicine.  NOTICE: This material may be
  44.        protected by Copyright Law (Title 17, U.S.Code).
  45.  
  46.